Kolega iz studijskih dana Franju Šepera opisao je kao osobu koja je pokazivala disciplinu i sustavnost: nikada nije govorio previše, ali ono što bi rekao bilo je odmjereno i jasno.
II · Kako ga pamtimo
Riječ suvremenika
Riječi njegovih suvremenika, iz raznih životnih razdoblja, kardinala Šepera opisuju biranim riječima.
Kolega iz studijskih danaRim

Kardinal Franjo Kuharićtada student sjemeništa
Kao rektora Nadbiskupijskog bogoslovnog sjemeništa u Zagrebu, jedan od njegovih studenata, kardinal Franjo Kuharić, opisao ga je kao ozbiljnog i savjesnog u svojoj zadaći, ali istovremeno bliskog studentima. Zbog njegove jednostavnosti i pristupačnosti studenti su s njim razgovarali bez treme: bez obzira na temu, razgovor je uvijek bio ljudski, čovječan.
Razgovor je uvijek bio ljudski, čovječan.
prema sjećanju kardinala Franje Kuharića
Trnje, 1951.–1954.
Susreti Franje Šepera sa župljanima zagrebačke Župe Krista Kralja u Trnju, gdje je od 1951. do 1954. vršio službu, pokazali su njegovu iznimnu empatičnost prema siromašnim obiteljima, kojima je i pomagao.
Alojzije Stepinacprema krašićkom župniku Vranekoviću
Kada je Šeper bio posvećen za nadbiskupa, Stepinac je pred krašićkim župnikom Vranekovićem rekao da je sada Zagrebačka biskupija u sigurnim rukama.

Zagreb, 1960.–1969.
Dok je bio nadbiskup zagrebački, u nepovoljnim vremenima za Crkvu, bio je oprezan, ali i kreativan: znao je kako omogućiti pastoralni rad unatoč ograničenjima i organizirao crkve po novozagrebačkim stanovima.
U to vrijeme od svećeničkih kandidata tražio je svečano obećanje da se neće upisivati u režimsko svećeničko staleško udruženje, jer je vidio na što je sve režim spreman.
Usprkos za Crkvu nepovoljnim vremenima, Šeper je znao i kako graditi mostove, ne kompromitirajući vjeru, ali izbjegavajući nepotrebne sukobe.

Remete
I karmelićani će ga uvijek pamtiti sa zahvalnošću, jer je kao nadbiskup zagrebački omogućio osnutak prvog samostana karmelićana u Hrvatskoj, u zagrebačkim Remetama, i povjerio im prvi put jednu župu u Hrvatskoj, koju vode i danas.

Koncil, 1962.–1965.
Na Drugom vatikanskom koncilu istaknuo se svojim istupima, koje su karakterizirali umirujući ton i umijeće pronalaženja zajedničkog jezika. Bio je dio umjereno-progresivne struje koja je na Koncilu prevladala i uvjetovala karakter koncilskih dokumenata. Kardinal Šeper zagovarao je mišljenje da obnova Crkve ne znači napuštanje nauka, nego njegovo dublje razumijevanje i lakše prenošenje.
Sudjelovao je i u oblikovanju Dekreta o ekumenizmu, dokumenta koji je otvorio nova vrata dijaloga među kršćanima. Bio je spoj čvrstine u vjeri i spremnosti na razgovor.
Rim, 1968.–1981.
Na dužnosti pročelnika Svete kongregacije za nauk vjere, na koju ga je 1968. imenovao papa Pavao VI., pokazao se kao čovjek okupljanja, suradnje, dijaloga i ozračja prijateljstva među biskupima. Kardinal Šeper nije bio čovjek velikih rezova, ali nije dopuštao da se nauk relativizira: razgovarao je, slušao argumente, ali kad je odlučio, to je bilo konačno. Šeperov „potpis“ na dokumentima tog doba nosi pečat ravnoteže između doktrinarne jasnoće i pastoralne obazrivosti.

Mons. Vladimir Stankovićdugogodišnji tajnik
Prema riječima njegova dugogodišnjeg tajnika, mons. Vladimira Stankovića, kardinal Šeper, najintimnije i osobno, bio je pravi „Zagrepčanec“: volio je Zagreb prije svega, iako je obišao cijeli svijet.

Otišao je tiho, kako je i živio. Bez pompe, ali s dubokim tragom.
Kardinal Šeper ostaje zapamćen kao čuvar vjere u vremenima kada su se temelji činili nesigurnima. Njegov život svjedoči da snaga Crkve ne leži u buci i sukobima, nego u mirnom i postojanom svjedočanstvu.
Vjera nije zid koji nas odvaja od svijeta, nego most koji nas s njim povezuje.